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La biologie, les chaînes de blocs et les publications scientifiques de demain

Par Dick Bourgeois-Doyle


Tel un petit gamin maigrelet flottant dans son costume de Superman, je manquais de substance, mais c'est rayonnant de fierté que j'acceptai l'offre que l'on m'avait faite de collaborer avec Canadian Science Publishing (CSP) en tant que chroniqueur pour leur blogue (page en anglais seulement).

Je ne pouvais pas me targuer de maîtriser les politiques en matière de publication de CSP, ni aucun des domaines abordés par les revues scientifiques que la plateforme publie. Cependant, j'éprouvais une grande admiration pour la constance de l'organisation face aux perpétuels changements, et j'aimais sa présence en ligne, qui est pauvre en autopromotion et axée sur les communications scientifiques.

Par conséquent, bien que ma fierté et mon désir d'aider reposaient sur des raisons plutôt élémentaires, ma surprise fut grande lorsqu'au printemps, Rebecca, ma fille, biologiste à l'Université de Toronto, me parla de son ami Chris. Celui-ci, me dit-elle, avait un projet qui, à terme, pourrait rendre CSP inutile.

Plus tard, lorsque je rencontrai Chris dans un café de Kensington Market, je découvris qu'il venait d'avoir 30 ans, et que lui et moi avions un point en commun.

L'un comme l'autre, nous avons pris notre retraite cette année - lui à 30 ans, moi à 65 ans.

« C'est grâce aux bitcoins, a-t-il affirmé. C'est un peu comme gagner à la loterie. »

Bien qu'un peu envieux, et sur la défensive, je tentai de paraître détaché.

« Je suis plus impressionné par votre décision de vendre plutôt que d'acheter, » lui répondis-je en faisant semblant de connaître quelque chose au sujet de cette technologie.

Chris et ses fonds flexibles avaient capté mon attention, cependant, et la conversation nous amena à aborder nos plans de retraite respectifs : collaborer avec CSP pour moi, tenter d'en mettre à mal le paradigme de l'organisation pour lui.

Chris pourrait bien réintégrer le monde du travail un de ces jours. Pour le moment, toutefois, il a quitté son emploi d'analyste Web au printemps dernier pour consacrer le petit pécule qu'il avait amassé avec ses bitcoins à l'application de la technologie au bien social, et notamment à la création de ce que Rebecca et lui considèrent comme « la revue scientifique de demain ».

Avant même que nous ayons cette conversation, j'avais entendu dire que les revues scientifiques pourraient bien être gérées un jour au moyen des chaînes de blocs, à la manière des bitcoins. Toute personne ayant acheté ou gagné des bitcoins le sait; les blocs d'une chaîne contiennent des registres horodatés constitués de fonctions de hachage liées à d'autres blocs et dans lesquels la cryptographie est omniprésente. Cette combinaison rend les renseignements que contient la chaîne de blocs (tout du moins pour le moment) inviolables et faciles à authentifier par l'entremise de réseaux P2P.

Pour les milléniaux tels que Chris, ma fille et leurs amis, cette technologie constitue un format idéal pour la publication d'articles scientifiques qui pourront ainsi être enregistrés, diffusés et révisés, mais jamais modifiés.

« Je veux mettre sur pied une plateforme décentralisée au sein de laquelle les chercheurs pourront publier gratuitement leur travail et prendre part à un processus participatif de révision par les pairs, m'expliqua Chris. Les articles recevront une note calculée à partir de divers facteurs tels que le statut de la révision, la reproductibilité et la qualité des articles cités. Bien entendu, l'ensemble du contenu sera en libre accès. »

« Qui va noter l'article? » demandai-je.

« Tout le monde, en fait. »

Ma seule réponse fut « Oh ».

Percevant mon scepticisme, Chris entreprit donc de me décrire le principe de la pondération codée, qui va filtrer les utilisateurs mal intentionnés, et des incitatifs intégrés, qui permettront d'attirer des commentaires constructifs tout en modernisant l'infrastructure de communication du monde de la recherche et en rendant « le processus plus efficace, plus transparent et plus accessible ».

Je le remerciai, payai ma bière et allai retrouver Rebecca, à qui je confiai immédiatement n'avoir pas vraiment compris ce dont son ami parlait. Elle rapporta par la suite cette information à Chris, qui m'envoya aussitôt par courriel des documents PDF et des liens vers des sites Web avec des commentaires sur ce qui est considéré comme étant les lacunes dans l'édition de revues en ligne payantes (article en anglais seulement) et sur les superpouvoirs de la technologie de la chaîne de blocs.

Pour la grande majorité, cette information ressemble un peu à du code en prose, et tout particulièrement les renseignements décrivant la manière dont les promoteurs vont s'assurer de l'intégrité du processus de révision et obtenir les ressources requises.

Envisager le futur de la publication scientifique

Comme je demeurais confus, je mis l'article de côté, et ne l'aurais peut-être jamais lu en entier, ou à tout le moins pas avec la volonté d'en comprendre le contenu, si je n'avais pas reçu ma première mission pour CSP : animer un atelier à l'Université du Manitoba pour la Revue canadienne de microbiologie de CSP. Intitulé Visioning the Future of Microbiology Publishing (Envisager l'avenir des publications en microbiologie) (page en anglais seulement), l'événement fixé au 19 juin 2018 proposait de passer en revue ces mêmes questions qui préoccupaient Chris et les autres : l'accroissement du libre accès, les problèmes que posent les abonnements payants, les incidences de l'édition prédatrice et du piratage, l'accessibilité, la reproductibilité de la science, et l'érosion de la confiance du public dans toutes les formes de savoir et d'information.

Cette mission m'incita à retourner consulter les liens et les articles que Chris m'avait envoyés. Et ces documents me furent d'une grande utilité pour me préparer à l'activité et réfléchir moi aussi aux articles scientifiques de demain. Non seulement les aficionados y détaillaient les applications des chaînes de blocs et l'authentification décentralisée, mais certains rêvaient même du jour où les systèmes d'intelligence artificielle s'occuperaient de réviser les articles, se prononceraient sur la qualité des données scientifiques et attesteraient du caractère novateur des articles - le tout sans la moindre intervention humaine.

« Mais qui va les écrire, ces articles? » avais-je envie de demander. Je craignais la réponse, toutefois, la question rappelant les travailleurs de l'automobile qui, de manière totalement futile, avaient mis GM au défi de vendre des voitures à des robots dans les années 1960. Les tendances et questions importants invitant à des processus de révision démocratisés et axés sur la technologie m'apparaissaient bien réels et, ainsi que je le découvris, étaient bien connus de mes amis au sein de CSP et des participants à l'activité.

Durant l'atelier, les microbiologistes explorèrent d'autres questions, mais ils revenaient sans cesse aux mêmes questions : les révisions par les pairs, les accusations de « contrôle de l'accès », la durabilité économique, la tendance à préférer les versions préliminaires, et tous les défis que les applications en apparence farfelues des chaînes de blocs pourraient relever.

Tandis que j'écoutais ce qui se disait, discutais avec d'autres personnes et essayais d'en apprendre plus, deux pensées s'opposaient dans mon esprit :

  1. l'indéniable réalité des pressions et technologies susceptibles de renverser l'édition de revues, ainsi que l'envisagent Chris et Rebecca;
  2. aussi surprenant que cela puisse peut-être paraître, la chance que j'avais de collaborer avec Canadian Science Publishing.

Un modèle de science ouverte hybride et multidimensionnel

Je pense que Chris et ses amis ont mis le doigt sur quelque chose, que leurs intentions sont nobles, et qu'ils ont probablement raison quant à la nécessité d'un changement - dans une certaine mesure.

Mais lorsque les défenseurs d'un mode de révision contrôlé par la technologie accusent les éditeurs d'avoir supprimé de l'information par intérêt financier, je ne parviens pas à imaginer CSP s'adonner à ces pratiques. Il s'agit d'un organisme sans but lucratif dévoué et soutenu par des communautés telles que les microbiologistes, dont le seul et unique but est de diffuser le savoir et de favoriser une science de qualité au Canada.

à mes yeux, c'est un projet qui intéresse l'ensemble du Canada. CSP et son portefeuille de revues constituent une plateforme permettant de rassembler les personnes pour innover dans l'intérêt de la science au Canada.

Tandis que je me préparais à ma mission et absorbais les préoccupations, je découvris avec quel acharnement CSP s'efforçait non seulement d'être autonome sur le plan économique, mais aussi de relever les nouveaux défis à l'aide d'un modèle d'accès libre hybride et d'un portefeuille de modes de publication flexibles. Ce portefeuille m'a beaucoup impressionné.

  • CSP a adopté des politiques très libérales en ce qui a trait aux droits d'auteur et offre la possibilité d'une intégration automatique à TSpace ainsi que dans d'autres dépôts de documents gratuits.
  • CSP publie également trois revues en accès entièrement libre : Science arctique, Anthropocene Coasts et FACETS, une revue scientifique multidisciplinaire.
  • Certaines revues de CSP rendent les articles accessibles après un embargo de douze (12) mois. Il s'agit notamment de revues renommées telles que la Revue canadienne de science animale, la Revue canadienne de phytotechnie et la Revue canadienne de la science du sol.
  • Chaque auteur publiant un article dans les revues de CSP peut, à tout moment durant le processus, autoarchiver le manuscrit soumis et/ou accepté sur un site Web personnel ou sur celui de la revue d'attache, ou encore dans le dépôt de documents de son choix, tel que PubMedCentral.
  • CSP offre également une option de libre accès, selon l'article et moyennant des frais. En d'autres termes, lorsqu'un article est accepté et sa publication dans une revue à accès payant approuvée, celui-ci peut être rendu accessible gratuitement au moment de sa publication ou à tout moment par la suite.
  • De plus, il n'existe à ma connaissance aucun moyen d'empêcher les scientifiques d'imprimer, de copier et d'envoyer les articles à des collègues partout dans le monde, comme ils le font depuis de nombreuses années, en mode « accès libre à l'ancienne ». Les auteurs disposent même de 50 codes d'accès gratuit à leur article, ce qui leur permet d'en envoyer des copies aux collègues intéressés ou à d'autres scientifiques.
  • CSP peut également, avec l'accord de l'auteur, mettre à disposition du public aux fins de commentaires les articles rejetés.
  • Enfin, les efforts de CSP pour diffuser des faits scientifiques sont amplifiés par une présence en ligne dynamique : un blogue soigné, des scénarimages, des journaux vidéo, des animations et des descriptions de faits scientifiques rédigées par des journalistes de formation doctorale et des professionnels rompus aux méthodes de publication non traditionnelles. Cette approche s'est clairement démarquée lors de l'atelier de Winnipeg, durant lequel un artiste a créé des enregistrements infographiques (figurant dans cet article de blogue) sur place afin de faciliter le partage sur les réseaux sociaux.

Il serait donc difficile de sous-entendre que CSP s'efforce de contrôler et de réprimer le flux de données scientifiques ou que l'éditeur constitue une partie du problème.

Ceci étant dit, l'organisation souhaite malgré tout vendre des abonnements à ses revues, payer ses factures, ne pas se retrouver sans électricité, proposer les données dans différents formats, et garder en poste un personnel correctement rémunéré et capable d'effectuer tout cela avec compétence.

Retour aux chaînes de blocs

Je me suis donc rendu à Winnipeg en me posant la question suivante : quel rôle les chaînes de blocs et les autres technologies émergentes pourraient-elles jouer dans ce contexte?

Assurément, la sécurité inhérente à une chaîne de blocs pourrait protéger les données scientifiques avalisées, et ainsi présenter l'information, les ensembles de données et les outils à la manière de la plateforme GitHub afin de faciliter la reproductibilité des recherches et inspirer confiance dans un monde où les fausses nouvelles, le piratage et l'édition prédatrice sont monnaie courante. Il m'était facile également d'imaginer comment cette technologie pourrait permettre à ceux qui le souhaiteraient de faire un suivi fiable et de mesurer l'influence d'un article en employant d'autres méthodes que le décrié facteur d'impact d'une revue (FI), utilisé dans les processus d'attribution des permanences et des promotions académiques. De nombreuses idées semblaient prometteuses, mais quelque part dans ma tête, j'étais toujours ce retraité sceptique de soixante-cinq ans que la technologie rendait confus.

Alors que l'opposition entre pensées et forces menaçait de me conduire à une impasse, la lumière se fit en moi lorsque j'écoutai les discussions menées lors de l'atelier de la Revue canadienne de microbiologie.

Je réalisai qu'il existait une possibilité de combiner très facilement la réalité d'aujourd'hui et cette vision dérangeante : utiliser la chaîne de blocs comme plateforme pour la version préliminaire des articles, ce qui permettrait ainsi de les enregistrer et de les mettre à la disponibilité du lectorat en tant qu'artéfacts immuables d'une étape spécifique du processus de révision. Mon sentiment était que cette option pourrait, à terme, aider le public à mieux comprendre le statut de version préliminaire provisoire. En cas de réussite, la chaîne de blocs pourrait alors être appliquée de la même manière à la publication de résultats non confirmatifs, de traductions automatiques qualifiées et de versions destinées à un public non initié. Une recherche en ligne me permit de cerner Ethereum, des applications de chaînes de blocs canadiennes (page en anglais seulement) comme option prête à la mise en œuvre.

Fort de cette « idée » et de mes connaissances techniques toutes neuves, c'est avec fierté et impatience que j'attendis de proposer ma solution à mes conseillers milléniaux dès mon retour de Winnipeg.

Ma solution, me dit-on alors, posait un problème.

« C'est une possibilité parfaitement envisageable - il serait possible de créer un registre sécurisé et d'intégrer à la chaîne de blocs une vérification du contenant; le pointeur serait un algorithme de hachage de type empreinte digitale que l'on pourrait utiliser pour accéder au contenu et vérifier que vous avez entre les mains la bonne version du PDF, déclara Chris. Mais pour l'heure, le coût de l'entreposage des articles PDF originaux sur la chaîne de blocs serait trop élevé. »

Il précisa ensuite que sa priorité à très court terme était à présent de s'appuyer plutôt sur un système Web distribué existant (tel que le protocole IPFS, couramment utilisé) ou sur des services qui pourraient être employés sans devoir élaborer des solutions personnalisées pour chaque utilisation.

« Pour le moment, je pense que la technologie et l'expérience des utilisateurs ne sont pas encore suffisamment avancées pour une adoption de masse, ajouta-t-il à propos des solutions visionnaires. Par conséquent, même si nous avons une vision, nous nous concentrons sur l'utilisation de technologies éprouvées afin de faciliter les révisions par des pairs et de nous contenter de décentraliser ce processus pour le moment. »

Légèrement refroidi, je me demandai si j'avais vraiment appris quoi que ce soit sur les enjeux, ou sur les technologies.

Je pris alors conscience que l'essence même des commentaires formulés par Chris et de son nouveau plan reflétait cette avancée régulière et progressive, ce système hybride de libre accès, et l'innovation réfléchie que j'avais pu constater au sein de Canadian Science Publishing, et qu'en fin de compte, nos plans de retraite n'étaient pas vraiment en conflit.

Cela se résume en une simple idée : la seule chose que nous puissions faire face à l'inévitabilité du changement, est de nous efforcer autant que possible de nous y préparer, et d'apprendre les uns des autres.

Aujourd'hui, un mois et demi après avoir rencontré mon nouvel ami et collègue de retraite dans un café de Kensington Market, je sens toujours venir cette modification du paradigme.

Mais j'ai depuis adopté une vision pleine d'espoir pour les revues scientifiques de demain, et j'éprouve plus de fierté que jamais à collaborer avec CSP. Peut-être même suis-je parvenu à rembourrer un peu mon costume de Superman de sophistication et de connaissances.

Figure 1

Figure 1
Image: Liisa Sorsa, Think Link Graphics

Examen par les pairs

  • Informer vos examinateurs
  • Normaliser davantage la rétroaction destinée aux examinateurs
  • Avoir la possibilité de comparer les examens

Publications interactives

  • Figures interactives en ligne
  • Incorporer des données brutes
  • Pouvoir faire un zoom avant pour mieux voir les données

Intégration

  • Sources de données intégrées

Documents collaboratifs

  • En temps réel
  • Des personnes de partout dans le monde peuvent mettre les données à jour!

Visuel

  • Faire en sorte que nos articles ressemblent plus à des histoires visuelles

Inclusif

  • Rendre nos articles plus créatifs
  • Accessible à plus de personnes!
  • Pas de mur à péage, ça n'a pas de sens de nos jours
  • Rendre nos recherches et notre science généralement plus accessibles et intéressantes pour tout le monde

Figure 2

Figure 2
Image: Liisa Sorsa, Think Link Graphics

édition viable

  • De nos jours, la publication rencontre des défis systémiques
  • L'accès ouvert n'est pas abordable dans la situation actuelle
  • Les frais d'abonnement sont trop coûteux

Il pourrait y avoir un modèle hybride

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Facteur d'impact

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  • Politiques influencées par BioArchive
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Examen par les pairs

  • Bonne acceptation des examens
  • L'examen par les pairs devrait être encadré par des lignes directrices
  • Vous n'êtes pas laissé à vous-même!
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  • Examen ouvert, à simple insu (pourrait ne pas être aussi ouvert), à double insu (problème avec la suppression de certaines informations), examen par les pairs après la publication, examen ponctuel par les pairs.
  • Revue canadienne de microbiologie : Nous mettons sur pied un comité de rédaction - nous cherchons à obtenir des examens neutres et de bonne qualité.

Serveurs de préimpression

  • Demande de rétroaction.
  • Examens par les pairs.
  • Liés aux réseaux sociaux.
  • BIORXIV et PeerJ.
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