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Préface

Les administrateurs généraux des organismes partenaires fédéraux canadiens responsables de la salubrité des aliments (Agence de santé publique du Canada, Santé Canada et Agence canadienne d'inspection des aliments) ont désigné l'application de la science émergente pour appuyer la gestion des enjeux en matière de salubrité des aliments comme étant l'une des principales priorités pour la modernisation sur la réglementation de la salubrité des aliments. L'un des exemples d'une science émergente est le séquençage du génome entier (SGE), une technologie qui fournit une caractérisation détaillée du contenu génétique des organismes, comme les bactéries pathogènes d'origine alimentaire. Le SGE s'ajoute aux approches traditionnelles fondées sur les propriétés phénotypiques et a le potentiel de fournir plus de renseignements que ceux qui sont actuellement exploités. Il existe une possibilité d'extraire les données génomiques, d'aller au-delà des utilisations établies pour la surveillance et l'intervention en cas d'éclosion afin d'orienter la prise de décision à venir en matière de salubrité des aliments, d'élaboration des politiques et des programmes et des interventions précoces pour intervenir ou prévenir des maladies et des éclosions. L'application de la technologie du SGE dans l'analyse d'Escherichia coli vérotoxinogène (ECVT) a été jugée convenable en raison de l'importance de cet agent pathogène pour la santé publique et le besoin d'avoir une orientation claire dans la détermination des caractéristiques des ECVT d'origine alimentaire doit être pris en considération pour déterminer les isolats les plus susceptibles d'entraîner de graves maladies humaines. Ce document examine l'état actuel des connaissances en ce qui concerne les principales caractéristiques d'ECVT qui sont préoccupantes pour la santé publique, les activités pertinentes des partenaires fédéraux portefeuille santé responsables de la salubrité des aliments (PFRSA) et la façon dont il serait possible tirer parti de la technologie du SGE pour déterminer les principaux marqueurs génomiques des isolats d'origine alimentaire pour appuyer les objectifs réglementaires en matière de salubrité des aliments.

Résumé

Escherichia coli vérotoxinogène (ECVT) est reconnu comme étant un danger d'origine alimentaire important et, par conséquent, a fait l'objet de programmes réglementaires d'inspection des aliments visant à réduire le fardeau des maladies d'origine alimentaire au Canada. Les protocoles actuels d'analyses des aliments utilisent une ancienne définition d'une décision sur l'importance d'ECVT pour la santé publique fondée sur l'inclusion d'un petit nombre de sérogroupes O, la possession des types 1 et 2 de vérotoxine et le codage du gène eae pour l'intimine, une protéine participant à la colonisation de l'hôte. Les récentes tendances mondiales en matière de salubrité des aliments et les données en santé publique indiquent qu'il est nécessaire de réviser cette définition pour y inclure d'autres ECVT, qui ont émergé comme dangers pour la salubrité des aliments. Le groupe de travail sur la science émergente du séquençage du génome entier relevant des comités fédéraux sur la salubrité des aliments a entrepris un examen exhaustif des données sur la santé publique et de la documentation scientifique canadiennes pour déterminer s'il est possible d'obtenir une meilleure définition d'ECVT ayant une importance pour la santé publique afin de respecter les tendances contemporaines en matière de santé publique. Pour appuyer la compréhension du contexte dans lequel les données génomiques s'appliquent à la prise de décisions en matière de salubrité des aliments, cet examen aborde également les sujets des aliments associés à une exposition aux ECVT, les programmes de surveillance existants pour la maladie causée par ECVT ainsi que la contamination des aliments, les méthodes d'analyse pour ECVT et les efforts d'atténuation des risques au Canada.

Il a été déterminé que les ECVT sont une famille complexe d'agents pathogènes ayant une variabilité importante en présence de certains facteurs de virulence particuliers et que la portée de l'analyse et de la prise de décision ne devrait pas être limitée à des sérogroupes particuliers, puisque les données canadiennes de santé publique montrent que les infections avec divers sérogroupes peuvent survenir. Les technologies de séquençage de prochaine génération sont bien adaptées à l'analyse des isolats alimentaires et cliniques d'ECVT visant à déterminer les caractéristiques génétiques, ce qui peut orienter la caractérisation des dangers. Un certain nombre de lacunes en matière des connaissances ont été décelées et le fait de les surmonter au moyen de la recherche ciblée pourra potentiellement améliorer la compréhension des facteurs déterminants la virulence des ECVT.



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