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Introduction

Les Escherichia coli vérotoxinogène (ECVT) sont une cause importante de maladies bactériennes d'origine alimentaire au Canada et dans le monde entier. Il y a un certain nombre de différents types d'E. coli pathogènes (pathotypes), mais les ECVT sont les seuls pathotypes d'E. coli qui sont à déclaration obligatoire à l'échelle nationale au Canada. L'importance d'ECVT pour la santé publique est attribuable à la forte infectiosité de certaines souches, la possibilité d'une maladie potentiellement mortelle et les options de traitement limitées disponibles. Toutefois, l'existence de différences dans le potentiel de virulence parmi les souches d'ECVT est reconnue et les résultats cliniques déclarés pour ce groupe d'agents pathogènes vont de graves à légers.

Au Canada, le séquençage du génome entier (SGE) est en train de devenir une méthode importante de caractérisation des agents pathogènes bactériens, y compris les ECVT, par les autorités responsables de la santé publique et de la salubrité des aliments. La caractérisation génomique des isolats bactériens par SGE offre un certain nombre d'avantages par rapport aux méthodes phénotypiques et de combinaisons moléculaires établies utilisées pour la caractérisation des isolats, notamment lorsque les travaux chimiques en laboratoire humide de séquençage des isolats ont été effectués, différents traits génomiques peuvent être évalués au moyen de l'analyse informatique. Cette méthode offre des économies importantes en coût et en temps pour la caractérisation des isolats. De plus, le sous-typage utilisant les données de SGE peut potentiellement offrir un niveau élevé de discrimination. Par conséquent, l'utilisation accrue de l'analyse des données du SGE offre des occasions d'améliorer la surveillance des maladies humaines d'origine alimentaire, l'intervention en cas d'éclosion, l'évaluation des risques pour la santé et l'échantillonnage réglementaire des aliments.

L'objectif du présent document est d'aider les partenaires fédéraux portefeuille santé responsables de la salubrité des aliments (PFRSA) à utiliser les données génomiques pour la caractérisation de l'ECVT et à appuyer les chercheurs qui désirent élaborer et appliquer la caractérisation génomique d'ECVT à des fins de salubrité des aliments. À cette fin, le présent document comprend un résumé des renseignements établis concernant les ECVT en tant qu'agents pathogènes d'origine alimentaire, présenté dans le contexte des activités réglementaires et de collecte de données des PFRSA. En fournissant un résumé et un contexte, ce document aidera les PFRSA à déterminer les lacunes en matière de connaissances qui pourraient être comblées au moyen d'autres recherches et de pratiques de collecte de données améliorées.



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