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Lacunes en matière de connaissances et programme de recherche

Compte tenu des considérations qui précèdent, un certain nombre de questions importantes demeurent qui pourraient être répondues par l'entremise de la recherche ciblée visant à optimiser les réponses réglementaires concernant l'occurrence d'ECVT dans l'approvisionnement alimentaire :

Marqueurs de virulence d'ECVT

La vérotoxine (stx, vt), l'intimine (eae) et [l'adhérence agglutinente] (aggR, aaiC) ont des rôles établis dans les processus pathologiques d'ECVT. Quels sont les rôles des autres marqueurs génomiques dans les processus morbides d'ECVT?
Comment d'autres marqueurs génomiques devraient être identifiés et interprétés?
Quelle est l'importance biologique des sous-types de vt et d'eae?

Sous-typage des isolats d'ECVT

Comment devrait-on le sous-typage des marqueurs (sérotype, [wgMLST], etc.) doivent être interprétés dans l'évaluation des isolats d'ECVT?
Quels sont les objectifs du sous-typage de routine et comment la nouvelle méthodologie est-elle jugée « apte »?
Les données historiques et les isolats devraient-ils être séquencés et analysés? Comment ces données seront-elles utilisées pour l'évaluation et l'atténuation des risques?

Exposition à l'ECVT

Quelle est l'importance des charges d'ECVT dans divers produits alimentaires?
Compte tenu de l'infectiosité élevée de certains ECVT, de faibles charges contribuent-elles à la distribution sporadique des cas?

Surveillance

Quel est le véritable fardeau des maladies humaines lié aux infections par ECVT non O157 au Canada?
Les programmes de surveillance actuels pour ECVT dans les aliments fournissent-ils les renseignements requis de manière rentable? Y a-t-il des lacunes importantes dans les produits ou les secteurs faisant actuellement l'objet d'une surveillance? L'échange de renseignements peut-il être amélioré? Quelle est la meilleure approche pour l'échange de données et de renseignements parmi les partenaires réglementaires intergouvernementaux (p. ex., tirer parti des initiatives de réseautage établies comme le Réseau canadien d'information sur la salubrité des aliments ou créer de nouveaux réseaux).

Méthodologie

Quelles améliorations méthodologiques sont-elles nécessaires? Quelle est la meilleure approche pour la détermination des marqueurs de risque, comme les sous-types ou les variantes de vérotoxine, au moyen de techniques de SGE (p. ex., approches indépendantes ou dépendantes de l'assemblage, traduction des données de séquence et identification des acides aminés définitifs)?
Quelles sont les limites de la détermination des marqueurs de gènes en fonction des données de séquences étant donné la présence de tendances de polymorphisme des nucléotides complexe et de la découverte de nouvelles variantes potentielles?
Quel est le potentiel de la génomique prédictive pour déterminer la fonctionnalité biologique et pour orienter les techniques de récupération des ECVT? Comment les tests diagnostiques sans culture devraient-ils être mis en oeuvre et les résultats évalués dans le contexte des enquêtes sur la salubrité des aliments?

Normes et lignes directrices

Existe-t-il une nécessité d'élaborer de nouvelles normes lignes directrices ou d'en mettre à jour en lien avec ECVT dans les aliments?
Ces normes devraient-elles inclure le sérotype? Quels marqueurs de virulence devraient être utilisés?



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