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Séquençage d'un génome de parasite

Draft Genome Assembly of a Potentially Zoonotic Cryptosporidium parvum Isolate, UKP1. Nash JHE*, Robertson J*, Elwin K, Chalmers RA, Kropinski AM, and Guy RA*. Microbiol Resour Announc 2018 Nov 15; 7(19). doi: https://doi.org/10.1128/MRA.01291-18


Cet article scientifique détaille un travail collaboratif résultant en une publication sur l’assemblage d’une ébauche de séquence génomique d’une espèce zoonotique de Cryptosporidium parvum (C. parvum). Ce travail souligne que des outils importants sont développés pour mieux étudier la biologie et la transmission de ce parasite hautement prévalent partout dans le monde.

Que savait-on de ce domaine avant vos travaux et quel est le motif de cette recherche?

La cryptosporidiose, qui est une maladie à déclaration obligatoire au Canada, a été diagnostiquée pour la première fois chez l’humain en 1976. Elle est causée par un parasite entérique transmis par la nourriture, l’eau et les contacts directs. Durant les années 1980, la cryptosporidiose était considérée comme la principale cause de diarrhée chronique chez les personnes atteintes du sida. À l’heure actuelle, elle est la deuxième maladie diarrhéique en importance et la principale cause de morbidité et de mortalité des enfants de moins de 5 ans dans le monde. Bien qu’il existe 36 espèces et plus de 60 génotypes connus de Cryptosporidium, l’identification des cas d’infection humaine au Canada se limite normalement au genre Cryptosporidium. La biologie et la transmission de ce parasite sont peu connus, et il n’existe pas de méthodes de sous typage moléculaire pour le caractériser de façon détaillée ni pour appuyer les enquêtes sur les éclosions liées à l’eau utilisée à des fins récréatives, à la nourriture ou aux contacts directs avec de jeunes animaux d’élevage. Au moment d’entreprendre notre recherche, seules trois séquences du génome entier (SGE) de Cryptosporidium avaient été publiées (C. parvum, C. hominis et C. muris). Notre recherche visait à faciliter la mise au point de méthodes moléculaires extrêmement utiles par la comparaison des génomes de Cryptosporidium. Ces méthodes permettraient d’améliorer la surveillance et de mieux comprendre les voies de transmission de ce parasite.

Quels sont les résultats les plus importants de vos travaux?

Cryptosporidium est difficile à cultiver en laboratoire : l’extraction d’une quantité suffisante d’ADN pour le séquençage et l’analyse est un défi de taille. Nous avons mis au point une approche qui permet de contourner ce problème par l’amplification du génome entier. Nous avons utilisé deux plateformes de séquençage afin de nous assurer d’une couverture génomique suffisante pour l’assemblage de l’ébauche de génome de Cryptosporidium. Nos travaux ont révélé une grande similitude entre la séquence de notre isolat prélevé chez l’humain et celle d’un isolat de référence prélevé chez un bovin, appuyant l’hypothèse voulant que ce parasite soit potentiellement zoonotique et qu’il puisse être utilisé pour déterminer les voies de transmission et les mesures de lutte à prendre contre l’infection.

Quelles sont les répercussions de la recherche?

Nous avons utilisé une nouvelle méthode qui permet le séquençage du génome entier à partir d’une quantité limitée de matériel génomique du parasite. Cette approche aidera les chercheurs en santé publique à approfondir l’étude de ce parasite souvent négligé en éliminant une barrière importante à la production de données de SGE. La comparaison et l’analyse de plusieurs fragments de séquence génomique de Cryptosporidium faciliteront la mise au point de méthodes de sous typage extrêmement utiles pour distinguer des isolats et peut être aussi des caractères de virulence. L’amélioration de la surveillance et de l’identification des sources d’éclosions qui en résultera aidera à réduire la propagation.




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