Practical Guidance for Clinical Microbiology Laboratories: Viruses Causing Acute Respiratory Tract Infections. Charlton CL, Babady E, Ginocchio CC, Hatchette TF, Jerris RC, Li Y*, Loeffelholz M, McCarter YS, Miller MB, Novak-Weekley S, Schuetz AN, Tang Y, Widen R, Drews SJ. Clin Microbiol Rev 2018 Dec 12; 32(1):e00042-18. doi: https://doi.org/10.1128/CMR.00042-18
Cet article scientifique discute de l’élaboration d’un document d’orientation destiné aux laboratoires de microbiologie clinique concernant les recherches sur les virus à l’origine des infections aiguës des voies respiratoires (IAVR). Les IAVR comptent parmi les infections le plus souvent signalées au Canada et ailleurs dans le monde. La mise en œuvre de directives sur la meilleure façon de traiter les agents pathogènes hautement infectieux responsables de ces infections (p. ex. méthode de prélèvement et d’analyse des échantillons associés aux maladies infectieuses) contribue à l’adoption, dans l’ensemble des laboratoires de santé publique du monde, d’une approche uniforme qui peut aider à s’attaquer à ces agents pathogènes prioritaires en santé publique.
Que savait-on de ce domaine avant vos travaux et quel est le motif de cette recherche ?
Dans l’étude sur la charge mondiale de morbidité qui a été réalisée en 2013 par l’Organisation mondiale de la Santé, les infections des voies respiratoires ont été désignées comme étant la principale cause de maladies infectieuses à l’échelle mondiale et la raison la plus courante pour laquelle les gens cherchent à obtenir des soins médicaux aux États-Unis. Jusqu’à présent, la publication du document d’orientation le plus récent sur les tests de dépistage des virus respiratoires remonte à 1986 (Cumitech 21, Laboratory Diagnosis of Viral Respiratory Disease). Depuis, la pratique de la microbiologie clinique et le domaine des tests de dépistage des virus respiratoires ont beaucoup changé. Notamment, les approches moléculaires nouvellement élaborées remplacent de plus en plus les méthodes traditionnelles de dépistage et de diagnostic des virus respiratoires. En outre, l’apparition continue de nouveaux agents pathogènes respiratoires présente des défis, car le personnel de laboratoire doit comprendre les limites des tests primaires effectués en laboratoire et savoir à quel moment il convient de transmettre les échantillons à des laboratoires de référence plus spécialisés aux fins d’analyse. Ce nouveau document d’orientation contient des étapes et des mesures uniformes et normalisées que le personnel de laboratoire et les laboratoires de santé publique doivent prendre lorsqu’ils traitent des échantillons de ces agents pathogènes
Quels sont les résultats les plus importants de vos travaux ?
Ce document consensuel fournit des directives à jour dans un domaine diagnostique qui évolue rapidement. Il décrit l’épidémiologie et les conséquences cliniques des infections aiguës des voies respiratoires (IAVR) d’origine virale, il renferme des instructions par étapes, y compris sur les méthodes privilégiées de prélèvement des échantillons, et il présente les méthodes recommandées de diagnostic et de caractérisation des agents pathogènes viraux à l’origine des IAVR. Ce document d’orientation est conçu pour être utilisé par le personnel de laboratoire dans un large éventail de contextes de laboratoire de virologie et de microbiologie de la santé publique partout dans le monde. Il souligne également l’importance d’harmoniser les processus entre les laboratoires de santé publique pour assurer l’uniformité de la caractérisation des virus et de l’analyse de la résistance aux antiviraux.
Quelles sont les répercussions de la recherche ?
Les virus respiratoires représentent un problème mondial dont les modes de circulation temporelle et géographique varient. Le personnel de laboratoire et les cliniciens doivent être en mesure d’identifier et de différencier les échantillons avec le plus de précision possible afin de mieux comprendre la progression de ces virus, leur transmission et les risques qu’ils posent pour les populations. De multiples virus peuvent causer des symptômes similaires en cas d’infection des voies respiratoires supérieures ou inférieures, et il est important de savoir faire la distinction entre les deux types d’infection, sans quoi on risque de limiter le diagnostic clinique. La mise en œuvre de directives claires, telles qu’elles sont énoncées dans ce document, peut faciliter le prélèvement d’échantillons appropriés et la prescription des tests requis, ce qui permet d’identifier rapidement ces agents pathogènes hautement transmissibles. De plus, l’identification rapide et exacte de ces agents pathogènes peut aider à générer les données probantes nécessaires pour éclairer les stratégies d’intervention et de prévention en santé publique.
Autres références importantes :
- US Centers for Disease Control and Prevention. 14 September 2017. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimens from patients under investigation (PUIs) for Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)—version 2.1. https://www.cdc.gov/coronavirus/mers/guidelines-clinical-specimens.html
- US Centers for Disease Control and Prevention. 8 May 2018. Interim guidance on testing, specimen collection, and processing for patients with suspected infection with novel influenza A viruses with the potential to cause severe disease in humans. https://www.cdc.gov/flu/avianflu/severe-potential.htm