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Des scientifiques de l'ACIA étudient une technologie «fructueuse»

Février 2019 | Agence canadienne d'inspection des aliments | par Stefanie Sultmanis, Tracy Lawrence, Brittany Day et Anithra Selvakumar

La science à l'ACIA est en croissance constante, en constante évolution et en constante amélioration. À mesure que notre science évolue, les outils, les techniques et l'infrastructure doivent également évoluer pour répondre aux besoins de nos scientifiques innovateurs à travers le pays. En 2017, le gouvernement du Canada a annoncé un investissement de 80 millions de dollars pour remplacer le Centre pour la protection des végétaux de l'île de Vancouver (C.-B.), vieux d’un siècle.

Vous vous demandez peut-être « Qu'est-ce que cela a à voir avec moi? »

Certains des fruits que nous mangeons commencent leur voyage au Centre pour la protection des végétaux. Le Centre est un laboratoire accrédité pour tester le matériel végétal importé et exporté pour la production de fruits, comme les pommes ou les raisins. Dans la nouvelle installation, les scientifiques pourront utiliser une technologie innovante pour renforcer le travail qu'ils font pour aider à protéger la santé des végétaux dans notre pays.

L'une des technologies émergentes les plus importantes qui sont testées au Centre pour la protection des végétaux est le séquençage du génome à haut débit, ou SHD. Malgré les nombreuses applications du SHD, aucun pays n'a encore défini de normes concernant son utilisation généralisée dans les laboratoires de diagnostic ni développé les critères nécessaires pour qu’il soit accepté à l'échelle internationale. Bien que l'élaboration de normes pour cette nouvelle technologie pose certains défis, les chercheurs de l'ACIA se sont donné pour mission d'assumer la tâche d'être un chef de file mondial et de poursuivre la recherche pour appuyer la création de normes scientifiques qui pourrait permettre au SHD d'être accepté à l'échelle internationale.

Mais qu'est-ce que le SHD? Pourquoi n’est-il pas utilisé par tous? Le SHD est une méthode de séquençage des génomes, le code génétique d'un être vivant, à grande vitesse et à faible coût. Essentiellement, nous révélons le code qui permet aux scientifiques d'identifier les organismes et d'en savoir plus sur leur diversité au niveau génétique. Pourquoi est-ce important dans le contexte de la santé des végétaux? En fin de compte, cela nous aide à déterminer si le ravageur en question est considéré comme une menace pour la plante. Le Canada a signé la Convention internationale pour la protection des végétaux (CIPV), dont l'objectif est de s'assurer que les ressources végétales sont protégées contre les ravageurs. L'un des rôles de la CIPV est d'élaborer des normes pour les tests. Afin de réduire le risque de propagation de ravageurs, il est impératif que ces contaminants potentiels soient découverts le plus tôt possible afin que les scientifiques puissent empêcher leur propagation. Actuellement, il peut être nécessaire d’effectuer des tests pendant des années à l'aide de méthodes internationalement reconnues avant qu'une plante importée au Canada ou destinée à en être exportée puisse être certifiée exempte de virus réglementés. Grâce à l'introduction du SHD, le temps nécessaire au séquençage du génome pour produire les résultats nécessaires pourrait être considérablement réduit à seulement quelques mois. La vitesse et la précision de cette nouvelle technologie changeraient radicalement la donne en permettant de produire des résultats de laboratoire plus rapidement et de soutenir la croissance de l'industrie fruitière canadienne.

Bien que le SHD semble être vraiment révolutionnaire dans le monde du diagnostic, il y a des défis que les scientifiques devront surmonter pour que cette technologie soit acceptée internationalement. L'un des plus grands défis est de pouvoir interpréter les résultats complexes de manière cohérente dans tous les laboratoires. Des données de validation importantes et des critères universellement acceptés pour interpréter les résultats du SHD sont nécessaires afin d'élaborer des normes qui permettront à ces résultats d'éclairer les décisions régissant le commerce international du matériel végétal. Les scientifiques de l'ACIA se sont montrés prêts à relever ces défis en menant des recherches qui aideront à définir cette nouvelle ère de la réglementation phytosanitaire.

Les scientifiques du Centre pour la protection des végétaux ont participé à l'effort en menant des recherches qui aideront l'ACIA à valider le SHD. Dre Stefanie Sultmanis a commencé à explorer le potentiel d'acceptation internationale du SHD. D’abord boursière en politique scientifique de MITACS, Stefanie a ensuite rédigé des propositions de recherche fructueuses qui ont conduit à ses recherches actuelles axées sur la détermination de la sensibilité et de la répétabilité du SHD pour la détection de virus dans les fruits des arbres. Les résultats de ces travaux seront essentiels pour produire les données nécessaires et avancer d'un pas vers l'élaboration de normes internationales de diagnostic. La Commission des mesures phytosanitaires (CMP) a adopté une liste de recommandations sur l'utilisation du SHD. Pour les Canadiens, la mise en œuvre du SHD dans les tests réguliers de Sidney pourrait se traduire par des résultats plus rapides et de haute qualité, de sorte que le matériel végétal importé pourrait être mis à la disposition des producteurs plus tôt; ce serait un gros avantage concurrentiel pour l’industrie fruitière du Canada.

Comme pour toute nouvelle technologie émergente, il est important de s'assurer que les étapes futures sont en place pour s'assurer que le travail continue de progresser. Dans le cas de l’utilisation du SHD dans le cadre du système de normalisation de la CIPV, il reste un certain nombre de mesures à prendre pour atteindre cet objectif ultime. Une collaboration internationale par le partage des connaissances et de l'expertise est nécessaire pour développer une norme d'utilisation du SHD. De plus, des preuves scientifiques supplémentaires sont encore nécessaires. Un ensemble normalisé de critères de détection est nécessaire pour permettre aux scientifiques de décider si un virus est présent ou non dans un échantillon. Étant donné que l'information génétique est si variable, cela devient un défi. La fiabilité et la précision doivent également être confirmées. Dans cet esprit, les scientifiques travaillent dur pour tenter de relever ces défis.

2020 étant l'Année internationale de la santé des végétaux des Nations Unies, il est tout à fait approprié que le travail de l'ACIA avec le SHD soutienne et s'aligne si bien avec sa mission de promouvoir la santé des végétaux à l'échelle internationale.

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À propos des auteurs :

  • Stefanie Sultmanis, analyste scientifique, laboratoire de Sidney
  • Tracy Lawrence, technicienne en virologie, laboratoire de Sidney
  • Brittany Day, conseillère scientifique principale par intérim, Direction des sciences de la santé des végétaux
  • Anithra Selvakumar, stagiaire coop, Direction des sciences de la santé des végétaux

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